脚踝骨疼的原因较多，常见的原因包括：脚踝部的外伤，局部的炎症，腰椎间盘突出等，少见的原因包括局部肿瘤等。

脚踝骨疼最常见的原因为局部的外伤，如足、踝扭伤，外伤导致局部的韧带损伤、软骨损伤甚至骨折等，如早期处理不当，常常会因踝关节的不稳导致习惯性扭伤，加重踝关节损伤甚至形成关节炎。

脚踝骨疼另一比较常见的原因为局部的炎症，包括非感染性炎症和感染性炎症。较常见的有痛风性关节炎、创伤性关节炎、老年性骨关节炎和踝关节结核、化脓性关节炎等。因为踝关节的炎症会引起脚踝骨的疼痛不适。细菌感染性炎症往往还会有发热等其他不适。

另外，腰椎间盘突出症患者由于突出的腰椎间盘压迫刺激相应的神经根也会引起脚踝的疼痛，但往往会有麻木、无力等神经症状；而少见的骨与软组织肿瘤等也会引起脚踝骨的疼痛。