2025年如何查找基因序列

在日常的生物信息学分析中,查找基因启动子可以帮助我们确定基因的启动开关,弄清楚基因在何时、何地、何种条件下被激活,从而理解基因的调控和表达。


在介绍具体的查找方法之前,我们先来梳理一下这个高频词的概念:


一、启动子 Promoter


启动子是基因转录的特定DNA区域,通常位于基因转录起始位点的5‘端上游,长度约为100-1000bp。在转录过程中,RNA聚合酶和转录因子能够识别并特异性结合到启动子的特有DNA序列(通常为保守序列),从而启动转录。


启动子本身并不转录,也不直接控制基因的活动,而是通过与转录因子的结合来调节转录过程。



✍接下来我们正式开始介绍方法:


1️⃣首先登陆网站National Center for Biotechnology Information (nih.gov),并且下拉菜单选择gene,检索框内输入要查找的基因。



2️⃣.这里我们就以IL17A为例,输入并点击search,然后选择想要研究的物种类型,这里以人源[Homo sapiens (human)]为例。



3️⃣.点击人源IL17A基因,下拉到下图位置,可以看到该基因的转录方向是从左向右的,所以在转录方向的蓝色箭头的左边是启动子区域。



4️⃣.然后点击Genomic regions, transcripts, and products中的FASTA。



5️⃣.可以看到具体的基因信息:



6️⃣.一般认为基因上游2 kb区域为该基因的promoter区域,所以我们将范围往前设置2kb并点击Updata View。



7️⃣.这样IL17A的启动子序列就成功找到啦!



好啦!今天的内容就分享到这里咯!持续关注【玖科医学】公众号,下一节带你学习“预测转录因子的结合位点”别错过~

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