胶囊药丸通常是两种不同颜色，这主要是出于以下几个原因：

1. 区分药物：胶囊本身没有药效，一般由明胶或纤维素制成。工厂在量产胶囊的过程中，为了便于区分，最直观的方法就是把两截做成不同颜色，并且通过不同颜色组合搭配也可以辅助区分不同药物。

2. 制作工艺：生产出来的胶囊颜色容易混淆，因此采用双色的壳制作出双色胶囊便于识别。

3. 颜色与药物性质关联：虽然对于糖衣或胶丸的颜色国际上并没有统一规定，但是已有约定俗成的习惯。一般情况是，消炎药选用黄色，镇静、镇痛、安眠、降血压等药选用蓝色和绿色，营养、补益药选用红色。中成药寒凉性的清热解毒剂选用黄色或浅绿色，止咳化痰剂常选用橘黄色，养血补益剂选用红色。

4. 儿童用药：对于抗拒吃药的小朋友来说，给胶囊披上鲜亮多彩的“伪装”，看起来更容易接受。

综上所述，胶囊药丸通常是两种不同颜色，主要是为了区分药物、便于识别、关联药物性质以及便于儿童接受。